| 発生時期 | 海都ルート | 深都ルート | 隠しルート |
|---|---|---|---|
| B08F後 | オランピアにYES 元老院にYES | ||
| B11F B12F後 | 海都ミッション ショーグン解放 | 深都ミッション アンドロ解放 | 海都ルートか深都ルート |
| B16F | ボス戦 シノビ最強服 | ボス戦 最強弩 | 海都ルートか深都ルート |
| B16F後 | 海都ミッション | 深都ミッション | B10FのフカビトにYES |
| B20F | ラスボス戦 アンドロ最強鎧 | ラスボス戦 プリンス最強鎧 | イベント B16Fの隠しエリアへ |
第３階層で分岐点がやってきます。分岐した後は、そのままの陣営でエンディングまで進み、途中で変更できません。
隠しルートも、基本的には海都ルートか深都ルートを進むのですが、深都初到着時の選択肢でYESを選び、第５階層のミッションを受注しないでB10Fのフカビトに会うと、ラスボスが変化します。
通常、ボスは１４日で復活するのですが、ラスボスは復活しません。ラスボスのドロップアイテムを収集したい場合は、周回プレイをするしかありません。
※ リマスター版のラスボスも復活しませんが、そのドロップアイテムで作られる装備は在庫切れしないようです
B11Fを進むと、海都と深都で同時にミッションが発動します。どちらのミッションを受けるかで、プレイヤーがどちらの陣営に協力するかが決まります。
１周目から隠しルートへ進むこともできますが、隠しルートのボスは強めなので、１周目は選ばない方が無難です。
選んだ陣営により、ストーリー、追加クラス、ボス、クリア報酬が変化します。主要パーティでショーグンかアンドロを使いたい場合は、その陣営を選ぶ必要がありますが、特にない場合は、好きな方を選べば良いです。ショーグンもアンドロも、特化させてこそ活きる職業なので、最初は使いこなすのが難しいと思います。
エンディングを迎えたら、タイトルメニューの[New Game]から周回プレイに進めるのですが、その前に続きから再開し、ミッションを報告しておきましょう。これで非売品の報酬をもらえます。この報酬も、海都ルートと深都ルートの２種類あります。
全ストーリーを楽しみたい場合も、図鑑を埋めたい場合も、最低３周する必要があるのですが、２周目に隠しルートを選ぶのがおすすめです。
隠しルートへ進むには、第４階層のミッションを報告した後で、第５階層のミッションを無視する必要があるのですが、うっかり受注してしまうミスが意外とあります。２周目でうっかりミスをしても、３周目で隠しルートを選べば良いだけですが、３周目でうっかりミスをすると、４周目が必要になります。アンドロの最強装備を５つ集めるなど、特殊な理由でもない限り、２周目に隠しルートを選ぶのがおすすめです。